北流清洗粪池由三个相互连接的密封粪池组成。粪便从进粪管进入****池，流向第三池。每个池的主要原理如下:
****池：主要拦截含卵较多的粪便。粪便经发酵分解后，松散的粪块因发酵膨胀而浮起，比例大幅下沉，形成浮粪皮、中粪液和下沉粪渣。利用寄生虫比例大于粪便和尿液混合物的原理，使其自然沉降在化粪池底部。利用粪便的浸泡和翻转来溶解粪块，使其液化并拦截池底的粪渣。厌氧发酵：化粪池封闭厌氧环境可分解蛋白质有机物，产生氨等物质，具有杀灭寄生卵和细菌的作用。
第二池:起到进一步发酵沉淀的作用。与****池相比，第二池粪皮和粪渣的数量减少，因此发酵分解程度较低。由于没有新粪便进入，粪液相对静止，有利于粪池中漂浮的卵子继续下沉。
第三池：主要起储存粪便的作用。前两格处理后的粪便进入第三池，基本不含寄生虫卵和病原微生物，满足粪便无害化要求，可直接在农田施肥。